Cuando se va a llevar a cabo análisis en un HPLC, uno de los pasos claves para el éxito de este es una elección acertada de la columna. Por lo que debemos analizar, antes de seleccionar la más adecuada para nuestro estudio, qué tipo de separación es y qué analitos se van a separar.
Tipos de columnas HPLC según el tipo de análisis
En función del tipo de análisis cromatográfico (preparativa, HPLC o uHPLC) tendremos que instalar en el sistema un tipo de columna u otro, siempre teniendo en cuenta: el tamaño de los macroporos de la fase estacionaria, velocidad de flujo de la fase móvil, el diámetro interno (D.I.) y la longitud de esta.
Según de lo comentado arriba, podemos encontrar:
| Tipo | Dimensiones Columna D.I. x Longitud (mm) | Velocidad de flujo mL/min |
| Preparativa | 22,5 x 250 | 24 |
| Semi-preparativa | 10 x 250 | 5 |
| Columna Analítica | 4,6 x 250 | 1 |
| Columna Analítica | 3 x 250 | 0,5 |
| Microcolumna | 2,1 x 100 | 0,2 |
| Microcolumna | 1 x 100 | 0,05 |
Tipos de columnas HPLC según el tipo de modalidad de fase
Aunque con el paso de los años se han ido desarrollando distintos empaquetamientos de columnas y, si indagamos en diferentes publicaciones científicas encontraremos autores que utilizan empaquetamientos que no hemos recogido, teniendo en cuenta el tipo de fase en el que estemos desarrollando el sistema cromatográfico (normal o reversa) y el tipo de muestra a analizar, las fases estacionarias más comunes y el tipo de analito para el que se utiliza son:
| Grupo funcional | Tipo fase | Comentario |
| C3 | Reversa | Se usan principalmente para la separación de proteínas. |
| C4 | Reversa | Se usan principalmente para la separación de proteínas. |
| C5 | Reversa | Se usan principalmente para la separación de proteínas. |
| C8 | Reversa | Son columnas muy comunes, presentan una buena retención y selectividad. Se recomienda su aplicación para la separación de compuestos hidrófobos fuertes. |
| C18 | Reversa | Son las más usadas, ofrecen un muy amplio rango en la separación de analitos hidrofóbicos. |
| C30 | Reversa | Usada principalmente para la separación de carotenos. |
| Fenilo | Reversa | Columna de uso común, principalmente para un cambio de selectividad. |
| Grupo polar incrustado(Amida, Carbamato, Urea) | Reversa | Columna de uso común para uso con fases móviles ricas en agua (<5% B), para mejorar la forma de los picos de solutos básicos o para cambiar la selectividad. |
| Perfluorofenilo (PFP) | Reversa | Columna poco común, se usa principalmente para cambiar la selectividad. |
| Ciano | Reversa, Normal | Columna poco usada, cuando se usa es para mejorar el tiempo de análisis debido a su baja retención. |
| NH2 (Amino) | Reversa, Normal | Columna poco usada, usadas para mejorar la velocidad y la eficacia de los análisis. |
| Diol | Reversa, Normal | Normalmente se usa en cromatografía de exclusión por tamaños. |